化学专业，如何转学才稳妥？现在晚不晚？

我是2010年暑假来的，phd，化学。
现在打算2012年转学到我男朋友的学校。

我知道我转得有点晚，但是还是希望能拿到现在学校的MS，再转去其他学校读phd。

我担心万一目标学校申到了，现在的老板（对我超级好）很不爽，
. ----又担心，他同意让我MS毕业，然后我失去身份了，转学却失败了。。。

希望过来人给我一点建议，怎么才能做得稳妥一些？
我现在老板也很牛，人超级好，如果不是因为我男朋友，真的不想离开这个组。
该怎么办呢。
谢谢各位了！