Evolutionary Biology, PhD 三个首选 UF, PSU, SBU 求大神比较

石溪大学：

基本情况

8年在伦敦大学学院(University London College) 从本科拿到博士，英国人，黑人，2008年博士毕业，博士论文主要工作在非洲撒哈拉地区人类的种群遗传学，到美国亚利桑那大学和UCLA两个比较出名的实验室做了几个博后，2014年在石溪拿到教职，和另外一个2009年斯坦福毕业的PhD，两个新老师共享实验室。博后期间，有不少飙分的文章。

谷歌学术链接：

https://scholar.google.com.hk/citations?user=4iBr-xsAAAAJ&hl=zh-CN

实验室链接

http://life.bio.sunysb.edu/ee/veeramahlab

老师课题情况

1. 作为参与者（应该不是主要Principal investigator）参与过各两百万美元的长臂猿和great ape 两个基因组的测序计划，2013年NATURE文章第六作者，2014 Nature 文章第四作者。2. 现在正在申请所有猿类一个基因组突变率的项目，预算也是两百万美元，他作为Principalinvestigator，并且说申请下来就有RA给我，刚刚提交NIH。

我附上一个老师传给我这个新的猿类基因组的课题的项目 Specific Aims 这一部分，充分的展示一下这个课题，数据量应该是很客观的。

优势？

1. 趋势较好？机会较多？ 文章的影响因子起点较高？猿类的基因组与人相似，千人基因组计划实施会增大基因组分析的机会

2. 老师给学生的时间：这个老师第一次带学生，一对一的时间很多，hands-on

挑战：

1. 程序编写，计算机数学相关知识需要花较多时间补充

2. 一年只有21k的TA，时间紧张，在纽约地区（双人间 800$/month）

3. 新老师可能会比较催学生，工作强度会比较大

4. 新老师没有带学生的经验

佛罗里达大学

Rob Guralnick   Associate Prof.

老师的基本情况

97年UC Berkeley 毕业 博士应该是做贝类的Phylogenetics相关，又留在UCB读了博后，2000年入职 Colorado University Boulder 的生态进化系(专业排名TOP20)，并在博物馆作为无脊椎动物的Curator。今年转职于佛罗里达大学，担任佛罗里达大学自然历史博物馆（馆藏标本量全美第二） Curator of Informatics

谷歌学术链接

https://scholar.google.com.hk/citations?user=_v3wLbQAAAAJ&hl=zh-CN&oi=sra

实验室链接

老师主要研究方向

1.ecological modeling

他给我看了几个2015年的课题的pre-proposals 都表明在ecological modeling 上面比较侧重，就是在一个区域采样后，将Data放在不同的模型里，预测出整个区域的物种分布等。因为他不是在做模型，数学计算机相关模型的设计问题涉及的不多，主要还是在应用层面。

2 .phylogenomics and biodiversityinformatics

一个比较新颖的领域biodiversity informatics。 因为尤其是在生态学，每一个人描述同一个问题用的语言都是不一致，所以这个领域就是利用一种标准化的表达模式去将生态学的数据还有NCBI上基因组的数据统一，建立庞大系统的数据库，像当年NCBI一样。

老师课题情况

老师承诺4年的RA，因为在UF必须做一年的TA, 他这个方向本身大环境下经费比较少，但是他能很成功的拿到项目，很成功的给学生RA做。这几年的课题都是作为主要的PI：

2014年课题申请情况：

Lead PI. Pending. Collaborative Research: ABI DEVELOPMENT: Notes from Nature: Advancing aNext Generation Citizen Science Platform For Biocollection Transcription. (NSFABI program, $594,428 to U.Florida, 3 years, start date 3/1/2015)

Co-PI. Pending.  Collaborative Research .Collaborative Research: ABI Development: An Online Workbench for Collating,Visualizing and Analyzing Phylogenies, Biological Traits and RangeDistributions.  (NSF ABI program, ~84K to U. Florida, 3 years,start date 1/1/2015).

Collaborative PI. Collaborative Research: VertLife Terrestrial: A complete global assemblyof phylogenetic, trait, spatial and environment characteristics for a modelclade.  (NSF GoLife Program, $179,986 to U. Florida, ~2.5 milliondollar budget, 4 years, start date 10/1/2014)

Collaborative PI. Collaborative Research: ABI Development: Advancing Map of Life's Impactand Capacity for Sharing, Integrating, and Using Global Spatial BiodiversityKnowledge  (NSF Adavnces in BiologicalInformatics $577,000 to CU Boulder,~1.5 million dollar budget total, 4 years, start date 3/1/2014)

优势

1. 美国老板，选题自由度高

2. 实验室资源好，实验室平台起点高，佛罗里达博物馆标本多, 自己相关的经历匹配

3. 老师的funding 稳定，并且老师在这个方面比较看重，所以相对较成功

挑战：

1. 文章质量竞争上优势相对较小？以后的发展机会会比较局限在生物多样性领域？生物多样性的funding大趋势不是特别理想？

2. 虽然老师邮件回复及时，但跟学生交流时间有限（一周一次？），大部分时间只能跟博后交流。

3. 老师承诺过分积极，4年RA,24k/year，感觉有点虚

宾州州立

Andy Deans Associate Prof.

老师的基本情况

UIUC PhD 2005

因为我有虾的形态学基础，所以做昆虫相对过渡比较好，和这个老师原来做过的比较匹配。

谷歌学术链接

https://scholar.google.com.hk/citations?user=PKxYhbIAAAAJ&hl=zh-CN

实验室链接:

http://deanslab.org/

老师的CV

https://docs.google.com/document/d/1Xtv_XK2pOUjMOInd01RjlTTlb4lTWnpkXAOqHgh7xmg/edit

老师主要研究方向

一个比较新颖的领域biodiversity informatics。 因为尤其是在形态学方面，每一个人描述同一个问题用的语言都是不一致，所以这个领域就是利用一种标准化的表达模式去将形态学，生态学的数据还有NCBI上基因组的数据统一，建立庞大系统的数据库，像当年NCBI一样。

但这个老师基本是以形态学的信息学为主。

老师课题情况

老师承诺RA

这几年有几个500.000刀左右的项目

优势

1. 实验室资源好，实验室平台起点高，PSU也有一个昆虫博物馆，PSU的昆虫学全美TOP5，能用到以前的形态学基础，RA 26k/year

2. 老师的funding 稳定，领域很新颖，比较容易拿到项目？

3. 形态学可能以后需求量会增大？尤其是用新的方法去研究形态学？

挑战：

1. 文章质量竞争上优势相对较小？以后的发展机会会比较局限在生物多样性领域或是昆虫领域？研究对象的局限性太明显？

2. 有一个博后留在那个实验室任职，可能跟老师交流比较少

3. 不知道以后的这个领域发展到什么程度，因为这个新的方法不是很容易接受，所以推广上会有不少困难