请教一个关于R的问题（sparse canonical correlation analysis)

请问有没有人知道 R里面有个spCCA的package，在老师的电脑上可以运行，但是我用自己的电脑就运行不出来是为什么吗？
我还试了别的电脑，还有windows和mac系统，都不行。。
package是在 https://msbi.ipb-halle.de/msbi/spCCA/ 这里下载的

报错信息提供一下？

saltyAlco 发表于 2020-1-15 11:18
报错信息提供一下？

我有2个基因的data set， （样本数为137），137x175（otu，即操作单元分类）， 137x731（met，即代谢物）， 137x3（糖尿病和牙周病分类，0-1变量）. 数据是scale以及删去了NA后的.
我有想小范围测一遍，但是都取前5行的时候还是一样空结果，取前3列的时候能跑（1.2个小时还没跑完，我强行终止后显示好多warning：In canVarVector[j.lambda.x, j.lambda.y, j.lambda.z, (dims[1] + ... :
Recycling array of length 1 in vector-array arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.）

这里是我的部分数据和跑出来的空结果

install.packages("spCCA")library("spCCA")


>scX[1:5,1:8]
      Otu001    Otu002     Otu003     Otu004     Otu005     Otu006     Otu007     Otu008
24 -1.127860 -1.155401 -0.8479404 -0.7722523 -0.9398251 -1.0367999 -0.3869777 -0.7955252
68 -1.101447 -1.103471 -0.8334032 -0.7696575 -0.8626867 -0.9723455 -0.3765279 -0.7888179
50 -1.079016 -1.114280 -0.8401778 -0.7722523 -0.8712576 -1.0287908 -0.3689466 -0.7955252
52 -1.092873 -1.106604 -0.8238058 -0.7696575 -0.9181457 -1.0123911 -0.3414903 -0.7955252
32 -1.077791 -1.093289 -0.8156903 -0.7592782 -0.9015080 -0.9750152 -0.3869777 -0.7821106

> newscY[1:5,1:10]
            [,1]        [,2]       [,3]       [,4]       [,5]       [,6]       [,7]       [,8]       [,9]
[1,] -0.25689597 -0.06583109 -0.3033692 -0.3399333 -0.7319339 -0.9358452 -0.2598252 -0.5081042  0.3327363
[2,]  1.23534007  0.05640615 -0.1568638 -0.7552671 -0.5885719 -0.7014474 -1.2953496  1.0138803 -0.3383102
[3,]  0.04242789 -0.93063372 -0.5611901 -0.7552671 -0.1826920 -0.9036287 -0.8488069 -0.1787369 -0.9554043
[4,] -1.05511977 -0.93063372 -0.1299876 -0.7552671  0.9990045 -0.9358452  1.7862043 -0.3545300 -0.9554043
[5,]  0.93774108  1.68284446  0.2460916  0.5018554 -0.1561209  1.0407578  0.9984070  0.3147964  1.3159508
          [,10]
[1,]  2.4942030
[2,]  0.8819917
[3,] -0.4450216
[4,] -0.8208717
[5,]  3.1181910

> scZ[1:5,]
     numdiabetes oralhealthvar1 oralhealthvar2
[1,]  -1.0640955     -0.6968215     -0.7317029
[2,]   0.9329057     -0.6968215      1.3566992
[3,]  -1.0640955     -0.6968215     -0.7317029
[4,]  -1.0640955     -0.6968215     -0.7317029
[5,]  -1.0640955      1.4246128     -0.7317029

> getCCA3(scX[1:5,1:8], newscY[1:5,1:10], scZ[1:5,])

$cc3.weight.x
     
Otu001
Otu002
Otu003
Otu004
Otu005
Otu006
Otu007
Otu008

$cc3.weight.y
     
[1,]
[2,]
[3,]
[4,]
[5,]
[6,]
[7,]
[8,]
[9,]
[10,]

$cc3.weight.z
              
numdiabetes   
oralhealthvar1
oralhealthvar2

$cc3.CV.x
  
24
68
50
52
32

$cc3.CV.y
  
24
68
50
52
32

$cc3.CV.z
  
24
68
50
. 1point3acres.com 52
32

$corr
NULL

$lambda
   
[1,]
[2,]
[3,]

$num.CV
[1] 10

Elva_1218 发表于 2020/01/15 11:41:27

我有2个基因的data set， （样本数为137），137x175（otu，即操作单元分类）， 137x731（m...

看报错貌似是数据格式的问题 数据的格式和包能跑的格式不一致 调一下解释文档看一下包的说明和各个参数要求的数据格式？可能问题在这

saltyAlco 发表于 2020-1-15 12:12
看报错貌似是数据格式的问题 数据的格式和包能跑的格式不一致 调一下解释文档看一下包的说明和各个参数要 ...

那个warning是我用了别的部分的数据啦，但我就是不知道为什么会有空结果（就是我上面显示的那样）。
空结果是没有error和warning的。我用上面那部分数据和总数据出来的都是空的结果。。T T