bioinfor和epidemiology的进来讨论下某热点起源？

这里有3篇文章说ncov2019的起源的：

这两篇文章基本上说了相识的结论，这病毒起源于recombination

我读了两篇文章，都相当理据服，证据也都可靠可信，其中一篇也来自md-anderson一个虽然不认识但是看起来蛮靠谱的pi

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939207v1

https://www.biorxiv.org/content/...2.914952v1.full.pdf

并且他们都指向同一个origin，也就是RaTG13


当然也有相矛盾的文章，说是distinct lineage，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/32004758/，

但是质量实在堪忧，文章读了之后觉得糙得不行，作者是希腊某个nobody knows的野鸡pi，文章也存储是打胡乱说逻辑性很差，说是用了pedigree based on ml （maximum likehood，不是机器学习…）,但是细节还有parameters，算法完全没用公布，估计就是cran里面找个库跑一下的学生课堂作业水平（还是1周1due的那种，final作业估计过不了），而且逻辑性简直了，如果上面的那个观点成立，在recombination的情况下给予ml的pedigree hierarchy applicable，别逗我？而且从头到位也没解释清楚为什么不同的bases集中在某个locus，而且还是功能性的locus随便七十二变？  明显某个垃圾期刊连peer review都没做好，希望别被误导

既然文章都是认可recombination，那么就基本没跑了，那么问题是这个event发生的时间？是很久远发生潜伏在某intermedia体内的，还是近期感染？
我倾向于后者，如果是久远就潜伏，那么应该有足够时间diverse成一个大的cluster的，那么按理说应该有足够的diversity找到相邻的species，第二篇垃圾文章为什么也提到了也就是这个：他们唯一的用处是说明了这个virus挺distinctive的，虽然最近https://www.nature.com/articles/d41586-020-00364-2报道说又发现99%相识的，但是文章并为发表，是否是武汉本地其他穿山甲中发现还是或者只是发现了某个locus 99%相识都还不知道，另外这篇文章https://www.mdpi.com/1999-4915/11/11/979 ，是瘟疫之前在穿山甲中的convirus 的研究，但是很明显其中并没有找到相识的病毒，不如很容易就会有报道，最关键的疑问是，中国人吃穿山甲吃了几千年了，如果真的是一直就带的病毒，穿山甲的种群数量都被迟到到灭绝了，肯定之前就会有接触，那么为什么之前多样性大得多的时候没有爆发呢？也就是说不太可能久远发生，
所以我倾向于recent novel recombination event， 而且我认为nature报道里说的应该是某个locus或者某个基因的相识度，恰好为recombination提供了证据，
因此逻辑推理很容易就得出这条线：
（云南）Bat RaTG13----pangolin （novel recombination with naturally carried species）---ncov2019（武汉）

但是我很奇怪，不同于果子狸，自然状态下的pangolin和蝙蝠几乎没有任何交集（如果有请指点我），尤其是在种群如此少的情况下，自然状态下几乎不太可能有所接触了，那么几乎肯定是Man-made situation，但是问题是没有人闲着没事把云南蝙蝠和穿山甲放在一起啊，穿山甲中医用有人捉还情有可原，关键是云南的蝙蝠有人会去无聊去捉了送去武汉吗？又没人吃（广东不知道，但是估计也没有人吃这么恶心的东西吧）

另外几乎肯定是在武汉感染，并不是在运输中，不然肯定会有运输过程中其他地方的人也被感染

Pangolin是如何在近期在广东的和云南的RaTG13接触的呢？？

不寒而栗…不会是真的某地的RaTG13样本泄漏然后感染了当地动物？？

基因方向的我比较熟推理基本没什么大问题，之后的几个分析推理哪些地方不严谨的请指出…