求教应用数学phd申请情况

目前在SUNY-stony brook读应用计算数学的硕士，本打算考qualify转phd留本校，目前看来希望渺茫，系里面太缺钱，连给offer的phd甚至都养不起，考虑是不是要重新申请别的学校。
Major GPA 3.8 通过本校的2次phd qualify exam，打算暑假跟专业里面一个associate prof做点事情。
GT还是本科大三时候考的  T100 GRE319  求定位，很担心外校也不给钱，或者录取了比本校还差的，那就只能找工作了。
也不知申请phd需要哪些准备，是不是要和老师套磁的，多谢。