Top40 BioE Master真诚求申2019 fall BioE PhD建议

    各位农民大兄弟姐妹好，本人现在波士顿的东北大学读MS，专业BioEngineering, 属于Thesis track，concentrate on Bioimaging & Signal Processing. 之前研发工程师工作了多年（5年+），但工作领域是射频与电磁场相关，并且是军工单位，当然本科毕业学校也是军工相关。本科时没用功，GPA刚过3，所以在申请master时EE好的学校基本全拒，还好最后东北的BioEngineering收留了我，并且track也算是跟以前学的与做的东西稍有交集，也就来到了东北。现在已经在东北待了一年，要准备PhD application了。
    刚来东北第一个月就进了现在导师所在的实验室，导师当时是新的AP，人也极好，一拍即合，我从去年10月到现在一直待在实验室。但因为是新试验室，很多设备到现在也还没买齐，发文章目测明年中旬才可能有戏（导师自己这一年多也没任何文章）。同时由于之前做的都是军工，也不可能有文章。所以我空有多年研究经历，半点文章也没见。
    客观来说，我在目前试验室做的比较用工并且成绩不错（还没到发文章的地步），导师也非常希望我留下来继续读博，事实上前几天已经着手准备给我申请新的grant以及把我从硕士二年级直接switch到phd了。
    导师哈佛物理系phd毕业，Caltech的本科，可惜当年毕业选错了行业，搞得现在只会生物，物理就没那么强了。最好的文章是PNAS，基本是纯生物。我想多做一些显微镜光学，他为我申请的grant实际上大部分就是为了显微镜学与算法（signal processing）。但是他也明确说了，这几个方面他可能无法指导太多，需要我多自学一些以及找一些collaborator。
    所以我就有了两点顾虑，第一我今后想留在学界，或者去一些国家实验室，这样东北大学作为一个大平台就不算很突出。第二导师将来在我的研究上的指导可能比较有限，虽然自学很重要，但关键点的指导有时候确实事半功倍。故此，我有意愿申请到其它学校，跟导师谈了后他也表示会全力支持（人是真的好）。
    所以，我这么一个空有点研究经历却无paper，GPA没有任何优势，GRE也不算高的master，是不是反而留在东北是最实际的选择？或者，我还有机会申请到一些光学（主要是显微镜学）稍好的学校或者导师那里。求各位大兄弟姐妹给一点意见，非常感谢！