回忆那个cs都在转生物的年代

六代基因组测序技术成熟之后，完整的生命编码呈现在人们面前，曾经人类基因组中的repeat区域被清楚覆盖，曾经的基因组黑洞被阳光照亮。
同年，基因表达编译器研制成功，从基因组到转录组到蛋白质组，所有的调控表达的细节都不再成为问题，生物实验的重现性全部突破了99.99%。
癌症被攻破，贺建奎所谓基因编辑的先驱被授予诺贝尔奖，无数的年轻人不再迷恋二进制的0和1，而是为了编写基因组的ATGC序列而着迷。
硅谷的程序员被AI接管之后，失业、暴力、衰落、人口流失，变成了新的底特律。而孟山都更名为维兰德-汤谷，所在的密苏里州圣路易斯市成为了全世界最繁华的地方。
大街上尽是不再知道疾病的俊男靓女，更多的不向命运屈服的优良人体性状正在实验室中静静等待。
人们的脸上洋溢着前所未有的幸福和自信，大家都说，生物，果然是21世纪的学科。。。

铁。。铁。柱？铁柱！ 是你么。没想到这么多年了，在这里碰到了你。还记得我么？我是内蒙古，阿拉沁，左后旗北斗七星村的金葫芦精神病康复中心的王院长啊。
当年，你一生不吭的就转了医院，院里的医生，还有你的那些病友都很想你啊。这么多年了，我还记得，你在的时候，每周你都和隔壁的春梅，在猪圈里和稀泥玩，一边往脸上涂泥，一边说“我要变成蔡 徐 坤，我要变成蔡 徐 坤。我就是金葫芦村的蔡徐坤”。 你之前天天都不好好吃饭，就要搞人体生物研究，要炼丹，不配合医生治疗，王医生，李医生，每天变着法子的给你喂药。15年的夏天，你一声不响的就转了医院，也不和大家打个招呼。这么多你啊了，我们一直都在找你呢。
诶，不说这些了。 但是王院长还是想劝告你，什么21世纪生物的世纪，炼丹，修炼，升仙那些玩意，咱们可不能碰。铁柱啊，以后不管在哪里，都记得要配合医生的治疗，要按时吃药，没事的时候，也回来咱医院，看看大家，我们都很想你呢。

滴滴滴~滴滴滴滴~Timer的声音唤醒了BMM勃士(Mr. Biomedicineman), 天啊。刚才居然做了一个梦！梦到一百年后六代测序技术彻底decode了repeat的功能；整个的gene regulation通路被彻底研究清楚了！生物行业狠狠的把硅谷华尔街踩在脚下，因为无论是互联网大数据，还是大的资本钱流，都无法跟起死回生的妙手仙方相提并论！难道这是上帝对自己的提示，让我研究一下这个GWAS致病位点的背后不是普通SNP，而是存在着TGGGAA repeat expansion？BMM勃士赶紧打开IGV browser，对照着repeatmasker一点点对照查看序列，天啊，果然是的！两百年前有人做梦发现苯环，今时今日我居然也靠发梦鲤鱼跳龙门了？BMM勃士太激动了，突然感觉一阵眩晕，眼前液氮突然炸裂成一个黑洞，天惹，这就是时间隧道么！BMM勃士掐一掐自己，发现自己不是在做梦。更重要的是，作为麻省理工第一批成功给小鼠进行梦境移植的研究者，BMM勃士随身携带他们发明的dream detector，只要自己或者身边的任何生命体进入睡眠状态，处于特殊频率的脑电波就会被detector捕获。BMM看了看detector，没有任何反应，表明他没有在做梦，而是真的穿梭到了平行时空里。

看看平行时空里的时间是2219年，两百年后。人类已经实现了互联网科技以及物质上的极大繁荣；世界的重心重新回到中国和印度；无论经济，军事，科教，美国已经落后于中印而位居第三。两百年前最顶尖的哈佛和麻省理工已经被北大和清华取代。BMM勃士来到清华大学生命医学学院(生命科学学院和医学院合并而成)，在博物馆里居然发现施一公两百年前的演讲视频在反复播放。而清华医学院院长居然是施一公的第十代孙女—-施十母! BMM勃士万般惊奇的听施十母介绍此时的生命科学发展到了什么程度:

六百代基因组测序已经成熟，完整的生命编码呈现在人们面前，只需要手腕上戴一个Pear Watch，就可以通过皮肤表层细胞获取基因组数据，并且在一秒钟内完成一百万个人类基因组的测序，数据量大概是10000TB. 而且六百代测序技术早就不依赖PCR, 不会有任何类似GC bias的苦恼，而且测序read长度可以达到1000000bp! 想想2019年还只能做到可怜的100bp! 所有的repeat的精确序列完全不在话下。而巨大的计算能力让瞬间单细胞测序成为可能，我们可以real-time的测量某个器官里的每一个细胞的精确基因数据。

“但基因组黑洞真的被阳光照射了吗?” BMM说，”毕竟序列只是序列，我们依然不知道这些序列是做什么的啊”
施十母说“非常正确，所以除了测序技术外，整个的基因调控通路也变得无比精确，这要归功于定量科学的发展；我们现在可以做到，在每一秒的时间内，每一寸的空间下，每一种不同环境context情况下，一块组织里所有单细胞内所有大分子的含量；然后依赖大数据的运算，我们可以计算出序列和基因调控之间的关系”。。。“当然，我们的瓶颈依然还是类似化学这样的传统学科，如何要生物定量可以在单细胞水平上实时运行，比如ChIP-seq这种所谓蛋白质和核酸binding的研究，我们证明都是伪科学不可靠的”
“当然了，毕竟我们不是上帝，所有的研究也知识基于我们人类的认知局限”

BMM接着问“说了这么多依然是基础研究，那么有多少应用到医学上去了呢？”
施十母回答说“我们研制了一种新的大分子芯片，在每个人出生的时候，注射到人体内，渗透到每一个细胞，而且终生存在，当然了对人体无害。这些大分子会作为在线测序仪实时测量每一个细胞在一生中所有时空下的分子生化水平。所以比如我们可以随时监测到大脑内部glial cells发生了基因突变而导致glioblastoma的风险；或者神经元出现CAG expansion而导致huntington”

BMM很兴奋，“所以等于说每一个人的每一秒钟，都在参与着个人基因组的研究。。那么治疗呢？”
施十母说”治疗依然很难。因为很多疾病不是基因导致的，或者说我们找不到genetics link，哪怕在定量科学和测序如此发达的2219年。或者说对于某些病人我们得到的基因层面的model非常复杂，比如同时跟300个基因有关联，我们最powerful的GAYRISPR技术也无法完成in vivo editing。要知道我们人类能做的主要是了解生命现象，我们只有非常limited的能力改造生命，而我们几乎没有能力创造生命”

“是啊，生命体过于复杂，不是只有基因这个东西，细胞组织生化以及环境都会导致疾病。”。BMM说道。
的确，到了2219年，生物医学如此发达，但癌症依然无法治疗，大部分罕见病绝症依然无解。因为我们缺少改造和创造生命的能力，这个能力是造物主才有的。疾病本质的背后是死亡的本质，死亡的本质背后是生命的本质，生命的本质背后是宇宙的本质。我们只要一天弄不清楚宇宙，生命，死亡的本质，就无法彻底攻克疾病，实现长生不老。我们哪怕用进化论这个漏洞百出的理论来看待疾病。生命体经历了几十亿年的演变，而生物医学不过几百年的历程，如何能一下子解决积累了几十亿年的奥秘呢？

BMM继续逛着清华，发现清华已经有了100位诺贝尔奖得主。其实，诺贝尔已经不是最牛逼的奖了。中国也有自己的“钱学森奖“，堪比诺贝尔。另外，清华的热门专业已经不是计算机系了，因为computer science已经成为了通识义务教育，每一个人的basic skill；AI也接管了世界大部分的产业。

硅谷依然繁荣，但不再有往日的风采，因为只要长了手是个人，就都可以写代码。其实硅谷已经改名为”硅生谷“，因为生命科学的繁荣成了湾区第二个支柱产业。BMM问旁边的人”听说圣路易斯市成为了全世界最繁华的地方?” NOT AT ALL. 这是当地人自己的吹嘘。在美国真正依靠biotech繁荣起来的是波士顿，如今成了“波谷”，自然也是以为哈佛MIT两所学校两百年来强大的生物医学研究。当然了，真正最强大的谷，都在中国。北谷，上谷，深谷之类的。比如深谷的BGI成为了全世界唯一的测序企业，因为只要有BGI，其他测序公司完全没有存在的理由。

人类的平均寿命延长到了150岁。大家都是50岁结婚，60岁生孩子。。。人生好多段婚姻。。。

一声巨响，BMM重新回到了2019年的现实空间。赶紧注册了leetcode账号开始刷Two Sum。。。毕竟呢，自己活在21世纪。

补充内容 (2019-6-2 02:14):
我写这些只是表达我对未来医学没那么自信。测序技术可以无限强大,但测出来的序列尤其noncoding的功能研究才是难点，感觉这是无解的。另外生命体内部的运行不是只有基因，比如neurotransmitter的传递，这需要定量科学的革命性飞跃。

补充内容 (2019-6-2 02:16):
另外 就算弄清楚了生命体活动，找出病因，我们的治疗手段有限。治疗也是改造生命体的能力。而我们不是造物主，能力有限。所以我对整个生物医学的科幻式发展保持谨慎乐观态度

djw612 发表于 2019/06/01 12:42:50
请允许我杠一下。。如果程序员都能被AI替代了，那基因编辑还需要人去做吗。。萃取、过滤、基因编辑，这方面AI和自动化机器会做的比人更好啊。。。搞生物也会失业的。。（我觉得所有人都失业了，共产主义实现了）...

硅基的归硅基，碳基的归碳基

这是要写科幻么？支持楼主，别太监啊

求更啊楼主

请允许我杠一下。。如果程序员都能被AI替代了，那基因编辑还需要人去做吗。。萃取、过滤、基因编辑，这方面AI和自动化机器会做的比人更好啊。。。搞生物也会失业的。。（我觉得所有人都失业了，共产主义实现了）

djw612 发表于 2019-6-1 12:42
请允许我杠一下。。如果程序员都能被AI替代了，那基因编辑还需要人去做吗。。萃取、过滤、基因编辑，这方面 ...

基因编辑 和 萃取、过滤、好像没啥关系。。。:)

biomedicineman 发表于 2019-6-1 14:06
基因编辑 和 萃取、过滤、好像没啥关系。。。:)

我的意思是，提取、分离化学物质，研究不同蛋白质性质，AI自己都能当科学家了。。说不定还能发几篇Nature。。。那几个词不是归属关系，是并列关系

为什么觉得这是反讽贴?