计算机要不要转生物

本科SE，研究生CE，今年研一刚入学，还有一年到phd申请季。目前手上有一篇一区一作文章在投，CV方向（多光谱行人检测）。铁了心要读phd。

家里有长辈在国内高校工作（科研岗），劝我一定要转生物，生物信息学或者计算生物学都可以。他说生命科学的未来非常好（指在科研上），如果能和计算机结合一定会是新的风口。（给我举的例子是AI制药或者蛋白质结构预测之类的）

我最近做CV也很不顺利，没有什么好idea也刷不出什么SOTA，实验已经卡了一个多月了，感觉第二篇文章遥遥无期。而且CV方向过于内卷，以我的文章情况很难申到好的学校。所以我还是有点心动的，觉得也许转去交叉学科，做的人没有那么多，就会好混一点。

但是我也很犹豫，其一是我完全没有任何生物基础，之前的研究经历和生物也没啥关系，我只有一年就到申请季了，现在转方向很难赶在申请前产出文章，风险很大。其二是我也没有想好要转什么方向，计算机和生物交叉的方向很多，我并不了解哪个会比较有前景。

我目前想到的有三种选择
1. 不转方向继续做CV，在原有方向上再做一两篇文章，一年以后申请CV方向的phd。
2.接着做CV，一年以后申请医学图像或者细胞图像之类的与CV比较相关的交叉方向。
3.放弃CV，抓紧时间套一个做生信或者计算生物的实验室，但是有可能会赶不及申请季要gap一年。

主要目标是找到好学校读博，然后毕业回国
想听听大家的意见

补充内容 (2022-09-03 12:52 +08:00):
未来的职业规划是希望回国找教职

楼主竟然愿意选择一条不一样的路（无褒贬只是客观评价）。我看到的帖子都是生物想转CS，于是选择生物计算或者生物信息。
生物信息绝对是小众，业界学界都是小众。从结果看，我看到比较成功的交叉学科教授，都是从相对quantitive background出来的，比方说数学物理统计计算机。 从难易程度看，CS进生物领域容易，生物进CS领域难。从机会论看，CS至少这波互联网革命还能红火很多年，就业也比生物信息好很多。
如果楼主以后想走学界，我倒是建议申一个cs PhD好学校，努力学到科学前沿并且掌握独立科研的能力，然后postdoc申生物医学院。那这种background当教授也是香饽饽

我是本科生物相关背景，在还行的学校读了个有论文要求的 comp bio 的 ms，有一作论文（论文作者就我和教授两个人，概率建模 + 算法类型的）发表在这个领域内还不错的刊物上，勉强算有点科研经历吧，现在在大厂当后端程序员。

先说结论，不建议。

看到大家的讨论，我感到很奇怪的一点是没有说你是否真的对这个学科感兴趣，似乎只要它的前途足够光明，就值得投以数以年计的时间奔赴。

想象一下你真的取做了这个方向，然后回国找到了教职，这意味着几乎整个职业生涯都要与这个东西打交道，如果对它没有热情的话，这真的是你想要的生活吗？更不要谈以现在高校找教职的内卷程度，没有足够好的文章很难有竞争力。在没有兴趣的情况下，真的能做出好的科研吗？

再说说这个方向的前景，从我读研开始，非常多并没有在这个领域工作过的人和我讲它很有前途，把 CS/Math/Bio 结合起来能做出很棒的研究。可是如果再问他们为什么这么讲，要结合起来解决什么样的问题的时候，他们又说不出个所以然。如果家里的长辈说它有前途，建议问问，这个说法的来源是什么，ta 看到了哪里的潜力，如果只是拍脑袋的想法那其实没啥参考价值。如果只是好发论文灌水那其实也没啥参考价值。

我对这个领域并不悲观，也不认为它是天坑（那种以湿实验为主的是天坑），确实有一些很有趣的方向，比如 DeepMind 做出的 AlphaFold 就很不错嘛。那么问题来了，作为一个没有经验没有背景没有相关知识的人（当然这些可以学），如何判断一个子方向是不是有价值的呢？你可以去顶级的研究机构吗？并不是说一定要想明白这些，看到全貌才能去选择读 PhD，只是如果没有对这些问题的思考就盲目选择的话，是不是对自己太不负责了呢？

去年也有国内大厂的HR找到我，看了我的履历后问我对他们的生物信息/生物大数据研究相关职位是否感兴趣，我就借着这个机会了解了一下，感觉也就那样。很多互联网大厂设立相关研究的小组基本是跟风，同时组里的一些员工选择这个职位的原因仅仅是”讨厌写代码，做这个调参就好”。不过与此同时，一些初创做的事情还挺好玩的，现在这个领域的热钱也多，讲好故事就容易融到资，所以也知道一些背景不错又有水平的人选择加入这些初创公司做有趣的事情。

扯了一大堆有的没的，我建议楼主思考一下自己规划的逻辑是什么样的。

是因为喜欢高校的环境，所以想去高校工作，然后就想找个招人最多最好进高校的方向。还是说我对哪个领域感兴趣，因此愿意将自己时间和精力投入到这个领域的研究里，而高校有不错的环境，所以想去高校工作。在我有限的观察里，一般后者比较容易结果，前者很难，因为没有热情显然很难竞争过有热情的人，这也是我觉得要不要读 PhD，读什么样的 PhD 最重要的考量。

祝好。

补充内容 (2022-09-03 22:09 +8:00):
与其纠结很久不如去了解一下 comp bio 的人在做什么吧。

MIT: https://www.youtube.com/watch?v= ... QwDTo4bIEDV8F4RcAgt

这个内容比较传统（也是我做的）

Stanford DL: https://canvas.stanford.edu/courses/51037

这个是深度学习相关的

你问下你家人以前和这个亲戚是不是有过节？

我是计算生物方向的。楼主你在地里问转生物的问题肯定会有很多劝退你的（非cs相关专业都会遇到类似的情况），毕竟地里的用户还是更偏cs，习惯了高薪和刷题。即使在工业界，生物相关的工作的收入是比不上cs相关的工作的，学术界的收入还有更低一点。我不反对赚钱，但是工资不是衡量职业重要性的唯一标准，我身边有很多人是愿意接受少拿钱去做自己认为重要的工作的。极端一点如果所有人都为了高薪去做软件，那下一次新冠来了大家就只能一起芭比Q了。

如果楼主真的想试试生物信息方向，可以先花时间去了解下目前的研究方向，和领域里的人聊聊。要往学术界走，走得好，对于领域的了解和自己的兴趣是非常重要的，这两个甚至是最重要的因素。楼里的很多帖子比如solored的帖子就有很多相关的信息。

我在一家生物技术公司工作，做生物信息的工作。我自己感觉最近几年尤其是疫情的这两年里，生物技术行业发展的速度是非常快的，有很多很好的公司，生物的创业公司也如雨后春笋。现在经济形势不好，最后能活下来的有多少还未知，但是很多人包括vc都认识到了这个行业的潜力和重要性。楼主你可以考虑从这几个方向来了解这个领域：
1. 楼主你是做CV的，图像处理在生物医疗方面的应用不要太多，生物信息里或者说BME（biomedical engineer）方向有很多和你之间对口的方向。最近比较火的方向是Spatial genomics：空间的信息就是图像，大致是把空间的信息和基因表达（或者其他基因组的信息）结合起来来研究生物学的问题，比如癌症的机制。用AI/DL来分析医疗图像或者做医疗文本的NLP也都是有很多人在做的。
2. AI 制药：这个方向是用AI来辅助药物设计。药厂作药的成本实在是太高了，AI如果能帮助预测有效的化合物，让药厂少走一点弯路，能省出来的钱都是以亿计的。这领域内小一些的公司包括有insitro和recursion bioscience，还有很多大药厂也在自己做。
3. 蛋白：很多人都提到的alphafold及相关的算法，包括meta的蛋白序列的语言模型
4. 癌症：这个方向包含的东西巨多。制药方面热门的有癌症的免疫疗法，靶向药还有下面的ai制药。诊断包括上面提到的医疗图像，基于测序的诊断，液体活检。预防（和治疗）包括癌症疫苗。几乎所有的生物的领域都可以和癌症沾边。
5. 衰老：这个我了解的不多，但是楼主可以关注下calico和最近刚成立然后就花大钱招人的altos lab。
6. RNA疫苗和RNA biology：moderna和biontech的新冠疫苗让这个领域彻底火了，关注这两家公司就可以知道RNA这个领域的很多研究方向了，比如癌症疫苗和RNA辅助的免疫疗法等。
7. 神经科学；老牌领域的，最近和imaging，genomics，免疫还有其他领域结合后又有新的活力。

听老哥一句劝，别转。。

楼主可以考虑一下那些在cs系下面做bioinfo或者comp bio的组。我搞ml+计算化学，这几年发现了很多这样的组，而且搞的都比化学生物系本身搞的要好得多，羡慕死

身在最好就业赚钱的专业，居然想去天坑专业？

依稀记得大学二年级的时候，我想从环境工程（当年土木环境挺火的）转专业到生物，生物系系主任语重心长地说了一句话：你是我见过第一个有意向转进来的，之前只有转出去的。

然后我就没转，继续环境工程，然后在美国读phd期间转了cs，刷题过千，目前在工作岗位上带薪学习

你这种不是是转生物啊，只是用计算机科学的方法去解决生物医疗类的问题，方向变了而已。本质还是计算机。你是对真正的生物没啥概念吧，和计算机不是一个知识体系的。

AppleFans 发表于 2022-09-02 20:01:16
身在最好就业赚钱的专业，居然想去天坑专业？

依稀记得大学二年级的时候，我想从环境工程（当年土木环境挺火的）转专业到生物，生物系系主任语重心长地说了一句话：你是我见过第一个有意向转进来的，之前只有转出

lz并不是想转生物。不是那种天坑专业，只是说转计算机与生物相结合的领域。像现在确实很火的大数据与精准医疗，AI在基因和Mrna疫苗等领域的应用，AI医学影像识别等等。确实可能借着疫情这股风是新的趋势和风口。当然老老实实做个传统的大厂码农也挺好。具体哪个更有潜力不好说，但至少是一个值得考虑的方向。

然后毕业回国

回国干啥？创业？当教授？还是普通打工？

bluebridgehawk 发表于 2022-09-02 20:14:31
lz并不是想转生物。不是那种天坑专业，只是说转计算机与生物相结合的领域。像现在确实很火的大数据与精准医疗，AI在基因和Mrna疫苗等领域的应用，AI医学影像识别等等。确实可能借着疫情这股风是新的趋势和

即使做cs和生物相关的方向，也要在cs系里读phd，绝对不能去生物系，这是最重要的，其它都是浮云。

AppleFans 发表于 2022-09-02 20:01:16
身在最好就业赚钱的专业，居然想去天坑专业？

依稀记得大学二年级的时候，我想从环境工程（当年土木环境挺火的）转专业到生物，生物系系主任语重心长地说了一句话：你是我见过第一个有意向转进来的，之前只有转出

同环境工程PhD，现在在转码。请教老哥宝贵经验！谢谢！